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‧你是蘋果的新用戶還是 OIKOS 的新朋友?假如你不知道去哪問問題,這裡是你第一個可以看看問問的地方喔。

#1 2007-02-16 02:10:33

mingte_yeh
交朋友
註冊日期: 2005-08-20
文章數: 169

[分享]整理PDF的新選擇



2007/02/26 更新   加入一點點自己使用的結果,用藍字標示,圖片就原諒我偷個懶吧,希望有使用的人更順手!


搜尋與整理PDF的好幫手“Papers“
搜尋了一下,好像沒有人介紹過這個軟體,小弟自告奮勇一下。
許多朋友的電腦裡存有許多的PDF檔案,整理起來還真不容易。
雖然已經有一些軟體可以做這樣的工作,例如之前網友介紹過用”iTunes”整理PDF的方法,
精華區裡面介紹的”iPaper”,還有大部分的人都很熟悉的Endnote,
不過今天我想跟大家分享另外一個軟體”Papers”。
網址  http://mekentosj.com/papers/
http://farm1.static.flickr.com/166/391177706_c7f650fb3d.jpg?v=0

簡介︰
生命科學領域的朋友應該對4Peaks,EnzymeX這些軟體很熟悉,
Papers就是原作者所推出的軟體,目前的版本叫做 “Papers Public Preview 2”。
名字有點長,因為作者覺得可能還有一些問題要解決,不想要當作正式版,所以才叫做Preview,
雖然是Preview版,不過只有30天的試用期,如果要註冊的話,single license要價美金24.95,
一組序號可以安裝在兩台電腦上,而且現在購買的序號在正式版推出之後的1.X版都可以繼續使用。
http://farm1.static.flickr.com/158/391166377_b9d3af27ba.jpg?v=0

軟體介紹:
首先是程式的整個畫面:
http://farm1.static.flickr.com/146/391166374_fad63f8453.jpg?v=0

左邊包括library (也就是你的PDF collection),
last import(上次輸入的檔案),
Authors和Journals可以自動統計library中各個Author以及journal出現的次數,
用來搜尋PDF的PubMed以及垃圾桶。
中間的部份和iPaper很像,顯示PDF的title、author、journal等等的資料,
而且還有一些按鈕,可以讓你只顯示review、editorials或是commentaries的PDF,
http://farm1.static.flickr.com/113/391166371_a731b692ec.jpg?v=0

最右邊就顯示這個PDF檔的摘要啦!
http://farm1.static.flickr.com/163/391187338_9479b207ed.jpg?v=0

按下Notes可以看到其他的資訊喔!
http://farm1.static.flickr.com/174/391166379_3b01c43bcb.jpg?v=0

利用PubMed尋找paper:
首先選取左邊的PubMed,
在搜尋欄位輸入關鍵字,
http://farm1.static.flickr.com/186/391177704_38893e067d.jpg?v=0

以poliovirus為例;
http://farm1.static.flickr.com/170/391177701_8b62c50ee8.jpg?v=0

點一下其他位置之後剛剛輸入的字就會被框起來,
http://farm1.static.flickr.com/169/391177698_52f7afe218.jpg?v=0

滑鼠靠近時出現三角形的選單,內容包括限定關鍵字在title、abstract或甚至是要包括或排除等等,
http://farm1.static.flickr.com/153/391177702_8e9819c211.jpg?v=0

利用同樣的步驟再加個關鍵字virulence並且限定在"title"以及"abstract":
http://farm1.static.flickr.com/128/391192753_52df072022.jpg?v=0

這樣搜尋的結果就會顯示在下面:
http://farm1.static.flickr.com/156/391192777_85e32ad829.jpg?v=0

點選其中一個結果兩下就會新增一個畫面連結到Journal的下載頁面:
(如果是在學術網路下並且有訂購該期刊的話就可以直接下載囉)
如果你在下載全文之前就直接把搜尋到的某篇文章import到library,那麼你在library點選那篇文章並不會出現PDF全文(右邊摘要下方會顯示PDF Missing),點選兩下也不會直接連結到期刊的下載網頁,這時需要自己點選下面的Website icon,再依照網頁指示點選,出現正要下載PDF的畫面時,要按下下方的update,這時候就可以把全文下載回來並且輸入library了。
有點麻煩,不過還好,利用PubMed搜尋的結果不會自動消失,除非你自己按下delete,所以還是可以由PubMed搜尋結果依照上次的介紹直接找到PDF。
這裡有個小缺點,就是當我在library中利用shift鍵一次選取多篇PDF檔按下Website後,雖然可以出現多個視窗連結到期刊網頁,但是update的部份似乎怪怪的,當一篇正在進行update時,另一篇的update雖然可以按,但是沒有反應,有時候必須要reload之後才會恢復正常,這就有點浪費時間了,希望到正式版可以改進。


http://farm1.static.flickr.com/136/391192787_75b1581b87.jpg?v=0

在這個新增的頁面點選PDF,等到出現PDF的內容時,Papers會自動把PDF下載到電腦裡,
這時候就可以看到整篇文章囉!(右邊同樣是摘要)
http://farm1.static.flickr.com/135/391205529_00d7c69a7b.jpg?v=0

http://farm1.static.flickr.com/145/391205536_40177e004e.jpg?v=0

http://farm1.static.flickr.com/125/391205533_d39e29ec74.jpg?v=0

點選左邊Source下的library回到主畫面,可以看到剛剛找到的資料:
http://farm1.static.flickr.com/150/391205545_a3e049cb82.jpg?v=0

最棒的是不用在去開啟Acrobat,也不用去找PDF檔案啦,因為在下半部直接就顯示出文章的內容啦,
而且不是只有第一頁,可以看到整篇文章的內容︰
http://farm1.static.flickr.com/141/391205548_3f9b7d2215.jpg?v=0

這是大概的使用方法,
另外還有一些東西,
例如可以從其他程式import資料以及可輸出的格式:
http://farm1.static.flickr.com/153/391234117_f10d7f6a84.jpg?v=0

也可以export給別的軟體:
http://farm1.static.flickr.com/111/391256446_32b156aabf.jpg?v=0

還可以把paper寄給別人:
http://farm1.static.flickr.com/184/391254185_b800cd0046.jpg?v=0

http://farm1.static.flickr.com/164/391251786_bebfdbac2b.jpg?v=0
mail這個動作還蠻炫的,賣個關子請各位自己玩玩吧big_smile
不知道大家有沒有試過,其實就是出現個光條左右來回掃描一次,然後出現mail視窗。

小小總結:
雖然是Preview版,有些小地方目前不盡理想,
但是我覺得整體來說算是蠻不錯了。
雖然要錢,那就當作恭喜兩位作者順利拿到博士學位的祝福好了roll
畢竟4Peaks和EnzymeX都是免費的。

不同的軟體有不同的特點與功能,
iPaper也蠻好用的,而且還免費,
Endnote通常也免費,與Word整合編輯reference超方便。
目前我還是留著Endnote,因為Endnote在輸出reference的時候很好用,
但是這並不表示所有的資料得要用兩個軟體各收集一次,
因為兩個軟體都有import與export的功能,
我想應該可以利用Papers去管理PDF檔案,
或是直接利用Papers的預覽功能去尋找資料,
等到要寫論文的時候再利用import與export遊走兩個軟體之間,
不過我還沒有測試過,不知道會不會有問題就是了。
測試之後確實是可以的,我輸出的格式是XML(請參考上面的圖),EndNote輸入的當然也是XML,而且有下載的全文到了Endnote還是可以開啟,可能是加了個relative link吧!

第一次寫這樣的介紹,不盡理想請多包含!

最後修改: mingte_yeh (2007-02-26 15:56:03)


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#2 2007-02-16 03:27:11

ddhhddhh2
好朋友
來自: 台北
註冊日期: 2005-02-09
文章數: 808
網站

Re: [分享]整理PDF的新選擇

寫的真好,辛苦你了。

離線

 

#3 2007-02-16 04:04:28

wss
交朋友
註冊日期: 2005-02-09
文章數: 129

Re: [分享]整理PDF的新選擇

Yet兄:
我把今天你分享給我的資料,還有計算DNA的widget,
讓另一位客戶看,
他看了之後滿臉興奮的表情,
直說他就是要這個東西來管理論文,
買Mac是買對了。

我就告訴你說,會有人來問我這樣的需求,
真的發生了!

離線

 

#4 2007-02-16 10:11:09

chiuj
好朋友
註冊日期: 2005-06-23
文章數: 456

Re: [分享]整理PDF的新選擇

真的很棒的分享與實用的軟體,有空來玩玩看。
目前我是都用iPapers(免費),也是很好用。

離線

 

#5 2007-02-17 13:45:20

Q3Q
義工版主
註冊日期: 2005-02-09
文章數: 543

Re: [分享]整理PDF的新選擇

謝謝介紹。我將它收入軟體精華區裡了。

離線

 

#6 2007-02-17 16:17:20

mingte_yeh
交朋友
註冊日期: 2005-08-20
文章數: 169

Re: [分享]整理PDF的新選擇

承蒙不棄,歡迎取用!  smile


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#7 2007-02-26 15:42:45

mingte_yeh
交朋友
註冊日期: 2005-08-20
文章數: 169

Re: [分享]整理PDF的新選擇

我註冊買了這個軟體,
今天加了一些些使用結果與大家分享,
歡迎大家提出他的缺點,
這樣才能讓作者改進,
我的錢才沒白花!  smile


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#8 2007-02-26 16:41:43

wyc
交朋友
註冊日期: 2005-02-09
文章數: 114

Re: [分享]整理PDF的新選擇

請問大大一些問題。
我用這個軟體有一些問題。
1. 以PubMed搜尋結果與其他軟體(如Endnotes)篇數不同(30 vs. 3000)。問過作者,他說是PubMed的問題。
2. Papers找到的會顯示middlename,但Endnotes則只有initial。導致用Endonotes輸入後的references與用Papers找到的會重複。
不知是不是我的設定不對?謝謝!!

離線

 

#9 2007-02-26 17:16:51

mingte_yeh
交朋友
註冊日期: 2005-08-20
文章數: 169

Re: [分享]整理PDF的新選擇

wyc 寫過:

請問大大一些問題。
我用這個軟體有一些問題。
1. 以PubMed搜尋結果與其他軟體(如Endnotes)篇數不同(30 vs. 3000)。問過作者,他說是PubMed的問題。
2. Papers找到的會顯示middlename,但Endnotes則只有initial。導致用Endonotes輸入後的references與用Papers找到的會重複。
不知是不是我的設定不對?謝謝!!

Dear wyc:


猛一看還以為是我碩士班老闆,雖然他縮寫是wcy,嚇了一跳!


Answer to Q1:
I think the authors just didn't get your point.

Please see FAQ of Papers.

Pubmed and Other Search Engines

Why does a PubMed search only give 30 papers while there are many more results?
Currently only 30 papers are maximally fetched for each pubmed query for performance reasons. In the 1.0 release of Papers this number can be changed in the preferences. Also the option to fetch the next batch of results will be added.


Answer to Q2:
我現在主要利用Papers管理PDF,只有要輸出reference的時候才會用到Endnote,
所以用到的時候就是新的endnote library,沒有重複的問題!
另外的解決方法就是利用endnote裡的Find duplicate功能,可以幹掉那些重複的reference喔!

最後修改: mingte_yeh (2007-02-26 17:19:17)


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#10 2007-02-26 17:39:39

wyc
交朋友
註冊日期: 2005-02-09
文章數: 114

Re: [分享]整理PDF的新選擇

Thank you for your quick response.
Since Papers only gives 30 references for one PubMed search, I try to import the references from Endnote directly. Therefore I can build my library in Papers rapidly. However, the ways of expression of "author" seem different between these two software. Papers can not identify the duplicate references. I have to remove it manually. I think that the best way to build a library in Papers is to import the library from Endnote. Do not use PubMed search in the Papers right now.
Thank you again for your kind help.

最後修改: wyc (2007-02-26 17:44:47)

離線

 

#11 2007-02-26 17:52:13

mingte_yeh
交朋友
註冊日期: 2005-08-20
文章數: 169

Re: [分享]整理PDF的新選擇

抱歉我剛剛看錯你的意思,
我以為是從Paper輸出到Endnote之後的重複,
不過你指的是從Endnote輸出到Papers,

的確是有這樣的問題,
而且Papers也沒有Find duplicate的功能,
希望1.0版可以加入或是修正。


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#12 2007-02-26 18:15:25

wyc
交朋友
註冊日期: 2005-02-09
文章數: 114

Re: [分享]整理PDF的新選擇

大概我的表達有問題,英文老外看不懂,中文老中看不懂。
看了您的blog,很有趣。
博士班的日子是辛苦的,但也是有趣的。
老闆不是萬能的,但顯然他讓您有很大的degree of freedom to do research。這也是一種福氣。做研究,自己找到問題,自己解決問題要比一切by order會學的更多。You may say that independent thinking is part of training in the PhD program.
像不像不負責老闆的口氣。
祝早日畢業!!

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#13 2007-02-27 00:31:00

Penguin
交朋友
來自: 南極逸出
註冊日期: 2005-02-09
文章數: 143

Re: [分享]整理PDF的新選擇

試用了一下,決定也買了。

不過,中文pdf 會出問題,程式會自動關閉。

有人有類似情況嗎?


浪漫是過不了日子的,於是我在夾縫中尋找我的浪漫∼

http://blog.roodo.com/lecepede/

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#14 2007-02-27 01:10:27

mingte_yeh
交朋友
註冊日期: 2005-08-20
文章數: 169

Re: [分享]整理PDF的新選擇

wyc 寫過:

大概我的表達有問題,英文老外看不懂,中文老中看不懂。
看了您的blog,很有趣。
博士班的日子是辛苦的,但也是有趣的。
老闆不是萬能的,但顯然他讓您有很大的degree of freedom to do research。這也是一種福氣。做研究,自己找到問題,自己解決問題要比一切by order會學的更多。You may say that independent thinking is part of training in the PhD program.
像不像不負責老闆的口氣。
祝早日畢業!!

哈哈,應該是我中午沒吃飯,所以頭昏腦脹之下使出了傳說中的刪節號閱讀法吧!
謝謝你的祝福喔!


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#15 2007-02-27 01:28:00

whindang
好朋友
註冊日期: 2005-02-09
文章數: 531
網站

Re: [分享]整理PDF的新選擇

這很棒,不過要錢... 功能很多,不過稍嫌煩瑣了

http://homepage.mac.com/toshihiro_aoyama/iPapers/

這很簡單,而且免費。

另外關於跟老闆的問題,不要老想自己吃虧的一面,換個角度想,你也可以反過來利用她!

最後修改: whindang (2007-02-27 01:29:46)

線上

 

#16 2007-02-27 01:39:31

mingte_yeh
交朋友
註冊日期: 2005-08-20
文章數: 169

Re: [分享]整理PDF的新選擇

Penguin 寫過:

試用了一下,決定也買了。

不過,中文pdf 會出問題,程式會自動關閉。

有人有類似情況嗎?

Dear Penguin,

我試了四個檔案,
一個是我的碩士論文PDF檔,(以前用Microsoft Word寫好然後列印成PDF)
一個是從台灣公共衛生雜誌網站下載的PDF檔,
另一個也是台灣期刊的PDF檔案(也就是下面圖片裡的文章),
還有一個則是從大陸期刊網站下載的PDF檔,
我輸入的方式是用File-->import-->PDF Files,
所有PDF都可以輸入,而且如圖所示,可以顯示也不會程式掛掉,
(我自己的碩士論文反倒是變成很好笑的中文字形,不過程式倒是沒當掉)
所以我也不知道問題在哪,不知道其他朋友有沒有什麼建議。

import之後可以出現在library中,但像期刊名、作者等欄位無法正確顯示:
http://farm1.static.flickr.com/144/403551884_4f90cd81f3.jpg?v=0

點選library中的資料兩下可以看PDF:
http://farm1.static.flickr.com/169/403551887_e167895034.jpg?v=0

最後修改: mingte_yeh (2007-02-27 02:23:01)


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#17 2007-02-27 02:21:06

mingte_yeh
交朋友
註冊日期: 2005-08-20
文章數: 169

Re: [分享]整理PDF的新選擇

whindang 寫過:

這很棒,不過要錢... 功能很多,不過稍嫌煩瑣了

http://homepage.mac.com/toshihiro_aoyama/iPapers/

這很簡單,而且免費。

另外關於跟老闆的問題,不要老想自己吃虧的一面,換個角度想,你也可以反過來利用她!

謝謝你!
我也很想利用我老闆,不過總是被一句"I don't know"打回去!
所以偶而總是想要發洩一下,罵完之後實驗還是得要做的。hmm


當初我就是看了你寫的介紹之後用了iPapers,
真的是個很好用的軟體。

BTW,其實兩個軟體的作者有討論過合作/合併的可能,
不過Papers的作者對Papers的功能還有外觀有些堅持,
所以還是決定各自發展。
我覺得Papers、iPapers還有Endnote都很不錯,
各自有各自的優點,當然也有各自的限制或者說是不方便的地方,
就看個人覺得怎樣的方式或組合最有效率最順手最值得而已。

Papers要價25美金,其實比許多軟體只要3或5塊美金貴許多,
而且現在還只是Preview版而已就要錢,
當然會有人覺得不太值得,
其實我一看到價格也掙扎了一陣子,
看了作者的一些敘述之後才決定買下去的,
也算是順便支持他們的其他軟體4Peaks, EnzymeX囉。


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#18 2007-02-27 03:00:03

wyc
交朋友
註冊日期: 2005-02-09
文章數: 114

Re: [分享]整理PDF的新選擇

我原先也是用iPapers來管理我的pdf files。但不知為什麼,他對硬體的需求似乎比較高,我用G4 867,當references多了以後,幾乎跑不動。但Papers好像沒有這個問題。
另外與mingte_yehㄧ樣,這兩位作者當apple改系統後,立刻供應兩個很好用的免費軟體。對我們幫助很大。

離線

 

#19 2007-02-27 14:17:45

Penguin
交朋友
來自: 南極逸出
註冊日期: 2005-02-09
文章數: 143

Re: [分享]整理PDF的新選擇

mingte_yeh 寫過:

我輸入的方式是用File-->import-->PDF Files,

yikes

我用的是最偷懶的方法,拖拉放。

根本沒注意到 Import裡有什麼選項。


我等會試試smile

對了,請問 M兄,您 import後,像 title 之類的欄名都免填嗎?

我用拖拉放,是自己還要 copy paste,不過己經快很多很多很多,大大滿足了。

最後修改: Penguin (2007-02-27 14:19:22)


浪漫是過不了日子的,於是我在夾縫中尋找我的浪漫∼

http://blog.roodo.com/lecepede/

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#20 2007-02-27 15:54:18

mingte_yeh
交朋友
註冊日期: 2005-08-20
文章數: 169

Re: [分享]整理PDF的新選擇

Penguin兄

我import之後的資料,title和journal等等資料都不是正確的,
就像我給您的回應中貼的第一張圖片,(抱歉我不會調整圖片大小)
那篇文章題目是“吐氣一氧化氮在兒童呼吸道過敏疾病之運用“,
可是我import之後顯示的是C:/Windows/Desktop/XXX  (忘記了),
作者顯示也不正確。
我發現好像用import的方式輸入的話,
title會變成PDF的"檔案名稱"而不是"文章的title",
右邊的摘要欄也不正確,
我猜想可能是因為Papers目前對PubMed支援比較好,
(其實應該是只支援PubMed,所以生科以外的領域還要看以後的版本怎麼做)
所以才可以從特定欄位擷取資料下來。roll


不知道你的中文PDF檔案們的資料有沒有在Endnote裡,
從Endnote輸出給Papers不知道會不會正常,
如果正常的話,那剩下的就是update PDF檔案而已了。

最後修改: mingte_yeh (2007-02-27 15:55:18)


別為了文章數濫發文!

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